在企业日常经营过程中，涉及增值税专用发票的管理是一项重要工作。当已经认证的进项发票被要求退回时，企业需要按照相关规定和流程进行妥善处理，以确保财务工作的规范性和合法性。

一、明确退回原因

首先，企业应与对方单位沟通，明确退回的具体原因。常见的退回原因包括：

- 发票信息错误：如商品名称、规格、数量或金额等信息填写有误。

- 合同变更或取消：交易条件发生变化，导致原发票不再适用。

- 税务问题：涉及税收政策调整或其他税务合规性问题。

- 其他特殊情况：如货物质量问题或运输延误等。

明确退回原因有助于后续处理工作的顺利开展。

二、及时办理红字发票申请

根据《国家税务总局关于修订<增值税专用发票使用规定>的通知》（国税发〔2006〕156号）的相关规定，当已经认证的进项发票需要退回时，企业需向主管税务机关申请开具红字增值税专用发票。具体步骤如下：

1. 取得对方单位提供的《开具红字增值税专用发票通知单》：该通知单由对方单位填写并提交至其主管税务机关审批后发放。

2. 填写《红字增值税专用发票信息表》：企业根据通知单内容，填写相关信息表，并提交至主管税务机关审核。

3. 开具红字发票：审核通过后，企业依据《信息表》开具红字增值税专用发票，并将红字发票交付给对方单位。

三、调整账务处理

在完成红字发票开具后，企业应及时调整相关账务记录，确保财务数据的真实性和准确性。具体操作包括：

- 冲减已入账的成本费用：将退回的进项发票对应的采购成本从相关科目中冲减。

- 更新库存记录：如果涉及实物商品退回，需同步更新库存管理系统中的数据。

- 重新计算税负：根据调整后的账务情况，重新核算企业的增值税税负。

四、加强内部控制

为了避免类似情况再次发生，企业应加强内部管理和流程控制，建立健全的发票管理制度。建议采取以下措施：

- 严格审核发票信息：在接收发票时，务必仔细核对各项信息是否准确无误。

- 定期盘点库存：确保账实相符，及时发现并解决潜在问题。

- 培训员工：定期组织财务人员学习最新的税收政策和法规，提高业务水平。

五、总结

已经认证的进项发票要求退回是企业在实际经营中可能遇到的一种特殊情况。面对此类问题，企业应冷静应对，严格按照法律法规的要求进行处理，同时注重加强内部管理，防范风险。只有这样，才能保障企业的合法权益，维护正常的生产经营秩序。

希望以上内容能为企业提供一定的参考和帮助。在处理具体问题时，建议结合实际情况咨询专业税务顾问或相关部门，确保操作符合最新政策要求。