在剧中，项少龙凭借自身的智慧和勇气，在复杂多变的政治局势中周旋，不仅成功地保护了历史的进程不受干扰，还帮助嬴政逐步奠定了秦朝统一六国的基础。然而，《寻秦记》的结局却充满了戏剧性和悬念。
故事的最后，项少龙意识到自己终究是外来者，他的存在对于历史来说或许是一种偶然的干预。为了不改变太多历史轨迹，他最终选择离开，回到了属于自己的时代。这种安排既是对主角命运的一种解脱，也是对整部剧主题的一种升华——每个人都有自己的使命与归宿，而真正的英雄往往懂得适时放手。
这一结局让许多观众感到遗憾却又释然，因为它不仅仅是一个简单的圆满或悲剧，而是对人生哲理的一种深刻探讨。《寻秦记》通过这样一个开放式的结尾，留给观众无限的遐想空间，同时也使得这部作品成为了一部值得反复回味的经典之作。
