在《神奇宝贝》系列中，故事围绕着主角小智和他的伙伴展开，其中女性角色扮演了重要的角色。然而，当提到“女主角”时，通常指的是那些与主角关系密切或对剧情发展产生重要影响的女性角色。

在《神奇宝贝》动画系列中，皮卡丘作为小智的搭档，是整个系列中最知名的配角之一。而关于“女主角”的具体数量，其实并没有一个明确的定义。不过，如果我们从与主角互动最为频繁且对剧情发展起到关键作用的角度来看，可以认为有几个核心的女性角色值得提及。

首先是小霞（Cilan在某些版本中被称为Clemont）。她是一位训练家，同时也是一名水系道馆馆主。小霞以其坚强的性格和出色的战斗能力成为小智旅途中不可或缺的伙伴之一。她在早期几季中多次帮助小智解决问题，并且常常展现出领导才能。

其次是小樱（Iris）。随着剧情的发展，《神奇宝贝》引入了新的女主角——小樱。她是一个热爱自然并与龙系神奇宝贝有着深厚联系的女孩。小樱的到来为故事增添了更多色彩，并且与小智之间也建立了深厚的友谊。

当然，除了以上两位之外，在不同的地区或季节里还会出现其他一些女性角色，她们可能只是短暂地出现在特定的情节中，但同样为整个系列增色不少。

因此，如果我们严格来说，“神奇宝贝觉醒之刻”的女主角应该包括小霞和小樱这两位主要角色。当然，每个人心中对于“女主角”的理解可能会有所不同，这也取决于个人观看体验以及对角色的喜爱程度。

总之，《神奇宝贝》通过塑造多样化的人物形象，让观众能够在丰富多彩的故事中找到共鸣。无论是小霞还是小樱，她们都用自己的方式陪伴着小智成长，并且为这部经典动画作品注入了更多活力与魅力。