在第一段故事中，贵树和明里是小学同学，他们彼此有着深厚的感情。然而，由于家庭搬迁，两人不得不分离。尽管如此，他们的友谊依然通过书信维系着。这一部分充满了童年的纯真与对未来的憧憬。
到了第二段故事，时间已经过去几年，贵树和明里都已长大成人。此时的他们虽然偶尔会想起对方，但生活轨迹却渐行渐远。贵树因为工作调动来到东京，而明里则留在家乡。这段故事更多地展现了成长带来的疏离感以及现代人之间的沟通障碍。
第三段也是最后一段故事，两人终于再次相遇，但却因种种原因未能重拾旧情。这次短暂的重逢让两人更加明白彼此之间的感情早已发生变化，最终只能接受现实，各自走向不同的未来。
整部电影没有明确的“大团圆”式结局，而是以一种开放式的结尾留给观众无限遐想。它不仅仅讲述了一段爱情故事，更深刻地反映了人在成长过程中所经历的变化与无奈。这种真实且略带忧伤的情节设置使得《秒速五厘米》成为一部触动人心的作品。
